Na początku wieku XVI zdawano sobie sprawę, że niezbędna jest reforma Kościoła, lecz niewiele osób mogło przewidzieć skalę nadciągającej katastrofy. Euro­pejczycy pobożnie uczęszczali na mszę świętą, chrzcili swoje dzieci i spełniali praktyki religijne z ufnością w autorytet Kościoła Rzymsko-Katolickiego. Lecz na przestrzeni kilku lat wielka liczba tych samych ludzi doszła do wyśmiewania te­go wszystkiego i oddała się niszczeniu swojej dawnej wiary.

Narastała odziedziczona słabość administracji Kościoła. Biskupi i kardynałowie nabywali swoje urzędy. Handel nominacjami kościelnymi sięgnął nawet do tronu św. Piotra; wielu niegodnych prałatów blokowało wysiłki zmierzające ku reformie. Kler tych czasów to często ludzie światowi. Dygnitarze kościelni byli przeniknięci ideą humanizmu, podczas gdy słabo wykształceni księża parafialni pozostawali ignorantami w dziedzinie teologii. Katechizacja świeckich wykazywała liczne braki. Gdy na placach miast europejskich rozbrzmiałe wyzwanie, rzucone Kościołowi przez Marcina Lutra, wielu książąt ujrzało w nadchodzącej rewolucji szansę na wzbogacenie się i umocnienie swojej władzy. Wsparli oni przywódców protestanckich siłą militarną, przeobrażając konflikty w ciąg krwawych wojen pomiędzy zaskoczonymi i źle poinformowanymi chrześcijanami.

Marcin Luter był zakonnikiem i kapłanem, doktorem teologii. W roku 1517 przybił do drzwi zamkowego kościoła w Wittenberdze 95 tez krytykujących Kościół. Stał się od razu bardzo popularny. Do 1519 r. zbiór jego pism opublikowa­no w całej Europie. Wszędzie ukazywały się paszkwile szkalujące papieża i wyśmiewające sakramenty. W Zurichu, ośmielony sukcesem Lutra, wystąpił Urlich Zwingli. Przejął on kontrolę nad radą państwa i ustanowił kościół narodowy. Wyjął katolicyzm spod prawa i zapoczątkował wojnę domową, w której potem sam poległ. W Genewie wystąpił Jan Kalwin, który ustanowił surową teokrację pro­testancką, kontrolującą zarówno Kościół, jak i państwo poprzez srogie kary za nieposłuszeństwo. Wymienieni przywódcy nowych prądów religijnych nie zgadzali się ze sobą, lecz każdy z nich uważał, że odkrył na nowo prawdę chrześci­jańską, zagubioną od czasów pierwotnego Kościoła. Pojawili się anabaptyści, unitarianie i wiele innych grup, a wszystkie one twierdziły, że Pismo święte jest źró­dłem autorytetu ich, tak bardzo różniących się i wzajemnie sprzecznych doktryn.

W Anglii, król Henryk VIII wykorzystał sytuację przewrotu chcąc rozwieść się ze swoją żoną. Oświadczył, że jest głową Kościoła w Anglii i zerwał wszelkie więzi z papiestwem. Jego następcy przechodzili kolejno na protestantyzm, na katolicyzm i znów na protestantyzm, pozostawiając za sobą krwawy ślad represji i ogromne zniszczenia. Wszystkie klasztory były atakowane i grabione. Odprawianie mszy świętej było zabronione pod karą śmierci i wielu wiernych utraciło życie. Praktykowanie wyznania katolickiego było uważane za zdradę.

Głowa świętego Cesarstwa Rzymskiego, Karol V pozostał lojalny wobec Kościoła i pro­wadził wojny w obronie jego praw i własności przez wiele lat zamętu. Dopiero w 1552 r. można było osiągnąć najlepsze rozstrzygnięcie w postaci pokoju w Au­gsburgu, który jednak okazał się rozwiązaniem patowym. Każdemu władcy nadano prawo narzucania swojego wyznania podległemu ludowi. W ten sposób połowa Europy została zamknięta wewnątrz obozu protestantyzmu. Zamętowi, wytworzonemu przez zgiełk tak wielu sprzecznych ze sobą doktryn, położyło kres powtórne ogłoszenie prawd Kościoła Katolickiego na Soborze w Trydencie w 1563 r. Potwierdzona została zasada równego obowiązywania Pisma świętego i tradycji apostolskiej. Sakramenty zostały dokładnie zdefiniowane, a błędy pro­testantyzmu odrzucone.

Głębokie zmiany w dyscyplinie Kościoła zapoczątkowały gruntowną reformę administracji, porażonej nadużyciami. Założono indeks, który miał chronić niewykształconych wiernych przed zalewem nowych propozycji wyznaniowych, tak ła­two znajdujących drogę do publikacji. Sobór Trydencki opublikował katechizm, który stał się ostatecznym sformułowaniem wiary katolickiej na trzysta lat.

Wielu wielkich ludzi powstało, aby bronić wiary w tych czasach zamętu. Przykład reformy, który dała św. Teresa z Avila i św. Jan od Krzyża natchnął ży­cie zakonne nowym duchem surowości. Ustanowiono wiele nowych zakonów, aby sprostać potrzebom czasu. Czołowym zakonem stało się Towarzystwo Jezu­sowe. Założone przez św. Ignacego Loyola, Towarzystwo to łączyło w wychowa­niu zakonnym, wojskową surowość z wielką elastycznością. Jezuici wyszli na li­nię frontu współczesnych konfliktów jako kaznodzieje, nauczyciele, uczestnicy dysput i spowiednicy. Zakładali w całej Europie kolegia i szkoły, a zasięg ich mi­sji objął cały glob. Dzięki ich heroicznym wysiłkom wielu zagubionych protestan­tów wróciło na łono Kościoła.