Gdy podupadały miasta i handel, a szeroko pojęta władza polityczna słabła po upadku Cesarstwa Zachodniego w roku 476, św. Benedykt Wielki, na początku VI wieku, zaczął zakładać klasztory na terenach wiejskich, nadających się do obrony lub ukrytych, jak na przykład wielki klasztor na Monte Cassino. Napisał on regułę benedyktyńską, która stała się fundamentem życia monastycznego dla wielu daleko porozrzucanych zakonów, tworzących wyspy wiary i wiedzy na morzu barbarzyństwa. W Irlandii, spuścizna św. Patryka, przyniosła owoc w postaci ciągłego napływu nowych powołań i misji. Święty Kolumban zaniósł wiarę z Irlandii do Szkocji. Pod koniec wieku wyjechał on z Irlandii, by osiedlić się, na pewien czas, we Francji, w której poziom wykształcenia chrześcijańskiego osiągnął bardzo niski poziom; św. Kolumban zrobił wiele, by go podnieść. Zaczęły się również pojawiać klasztory dla kobiet ślubujących żyć pobożnie, pod opieką takich kobiet jak św. Ita. Powstawały one głównie w Irlandii, gdzie wiara była bardzo mocna.
W Hiszpanii, św. Hermenegilda, dziedzic tronu, oddała życie za nowo przyjętą wiarę katolicką, gdy jej ojciec, król Leovigild, ariański heretyk, zażądał, by się jej wyrzekła. Król Leovigild zmarł wkrótce po tym, a jej brat Rekard, wprowadził wizygockie przepisy obowiązujące w Kościele hiszpańskim. Na Soborze Toledańskim w 589 r., katolicka tożsamość Hiszpanii – tak często później udowadniana – została z dumą ogłoszona.
Ostatni rozkwit potęgi cesarstwa nastąpił w VI wieku, za panowania wielkiego cesarza Justyniana, który rządził z leżącego na wschodzie Konstantynopola. Zredagował on kodeks prawa oparty na ogromnej spuściźnie Cesarstwa Rzymskiego. Dążył do zjednoczenia całego wcześniejszego imperium, odzyskał północną Afrykę i południową Italię. Lecz jego żona Teodora była heretyczką wyznającą monofizytyzm (Chrystus ma tylko jedną naturę boską, nie ma ludzkiej) i dążyła do przejęcia kontroli nad Kościołem, poprzez podporządkowanie sobie papieża. Ambitny diakon Wigiliusz, który został pominięty przy wyborze papieża, przyjął od niej 700 funtów złota. Wtedy usunęła prawdziwego papieża, świętego Sylweriusza, który zmarł w niewoli. Ponieważ wojsko Justyniana kontrolowało Rzym, nie pozwolono nikomu innemu zostać papieżem. Lecz kiedy Wigiliusz został papieżem, przy niechęci wyborców (duchowieństwo Rzymu), nie spełnił swoich obietnic danych Teodorze i powiedział, iż musi i będzie zachowywał ortodoksyjną wiarę. Jest to być może najwidoczniejszy w historii dowód nieomylności papieskiej.
Kiedy w roku 565 Justynian zmarł, potęga rządzonego z Konstantynopola Wschodniego Cesarstwa gwałtownie zmalała, a Italia ponownie stała się łupem plądrujących ją barbarzyńców. Jedyną oazą prawa i porządku w Italii, przy końcu VI wieku był papieski Rzym, rządzony przez papieża świętego Grzegorza Wielkiego (od 590 r.). Papież ten nie tylko był wielkim mężem stanu, lecz również wielkim pisarzem i nauczycielem. W większym stopniu, niż jakikolwiek inny człowiek, ukształtował Kościół czasów średniowiecza, czyniąc z niego centrum życia europejskiego na okres tysiąca lat. Ustanowił dla Kościoła Zachodniego regułę celibatu duchowieństwa. Rozwinął także, najsłynniejszą i trwającą do dziś formę chwalenia Boga – śpiew gregoriański.
Pomimo palących problemów politycznych, którym stawiał czoła i ogromnych wyzwań, które napotkał przy budowaniu Miasta Bożego, papież Grzegorz Wielki nigdy nie zapomniał o misjach. Historia głosi, iż pewnego dnia w Rzymie zobaczył grupę rzucających się w oczy rosłych mężczyzn o jasnych włosach. Zapytał co to za ludzie, odpowiedziano mu „Anglicy” – z Anglii. (Anglia została zdobyta przez pogańskich Anglików i Saksonów w wiekach V i VI, jej chrześcijańscy mieszkańcy zostali wypędzeni na zachód do Walii). Papież odpowiedział, „Nazwę ich nie Anglikami (Angles) lecz aniołami (angels)” i wysłał misję, by podjęła się ich nawrócenia. Misjonarze ci wylądowali w Anglii pod koniec szóstego wieku.