“Nikt urodzony w Niemczech po 1610 r. nie wiedział, jak wygląda pokój. Niewiele osób pamiętało jak rozpoczęła się ta wojna i o co w niej walczono; wiedziano tylko, że rok po roku wielkie armie przeciągały maszerując w jedną i w drugą stronę po ich ziemiach, paląc, łupiąc i niszcząc” (Hugh Trevor Koper, Wiek ekspansji).
Wojna trzydziestoletnia wplątała całą Europę kontynentalną w próbę rozwiązania pretensji terytorialnych książąt protestanckich i katolickich. Rozpoczęła się ona jako rewolta czeskich protestantów przeciw ich katolickiemu królowi i nie zakończyła się dopóki ludność Niemiec nie zmniejszyła się o połowę. Tysiące wsi zniknęło zupełnie. Walki zakończył ostatecznie pokój westfalski, pozostawiając wyznanie każdego z 350 państw niemieckich wyborowi ich władców. Protestanci chronili swoje zdobycze przez utratę praw wyznaniowych na rzecz państwa, powodując w konsekwencji wstrząs samych fundamentów europejskiej kultury chrześcijańskiej.
Jeśli bowiem król mógł teraz wybierać wyznanie dla swoich dominiów, to mógł także wybierać, w jaki sposób ta religia będzie praktykowana. Nawet władcy narodów katolickich nakłaniali swoich biskupów do ogłoszenia niezależności od Rzymu i promowali koncepcję „boskiego prawa królów”. Francja w tych czasach stała się kulturalnym centrum Europy. Choć pozostała krajem katolickim, to jednak jej wielki król Ludwik XIV założył, że Kościół będzie ministerstwem państwa i jedynie o włos uniknął popadnięcia w schizmę. Wielu francuskich biskupów upierało się, że konsylium (kardynałów) jest nadrzędne wobec papieża w sprawach nieomylności. Papiestwo, pierwszy obrońca wiary, zostało osłabione do tego stopnia, że wiele filozofii antagonistycznych wobec chrześcijaństwa znalazło się bez przeszkód w obiegu, i stało się przedmiotem nauczania na uniwersytetach.
Była to epoka Galileusza. Rozkwitała nauka. Rene Descartes, francuski filozof-katolik, sprawił, że w modę wszedł paradoks, iż wątpienie było najpewniejszą drogą do pewności. Stosując swój system metodycznego powątpiewania do nauk religii, wytworzył szkołę krytyczno-historycznej nauki, która zajęła miejsce tradycji w studiach biblijnych. Protestancka zasada prawa do indywidualnego sądu ponad tradycyjny autorytet wyznaniowy otworzyła szeroko drzwi dla niewiary i wszelkiego rodzaju błędów. Podczas, gdy Kościół Katolicki pozostał zjednoczony w swej wierze apostolskiej, protestanci w coraz większym stopniu dzielili się na nowe sekty, przy czym wszyscy twierdzili, że ich różne interpretacje Pisma świętego są jedyną prawdą. Przewrót wyznaniowy poważnie osłabił nauczanie i wiele szkól utraciło cale wydziały łub przestało istnieć.
Jednocześnie jednak działalność misyjna wzmagała się na każdym kontynencie. Katoliccy misjonarze w Ameryce północnej i południowej pracowali heroicznie przy pozyskiwaniu miejscowych ludów indiańskich dla chrześcijaństwa. Były setki tysięcy nawróconych i wielu męczenników. Również na Dalekim Wschodzie, wiele zakonów pracowało przy „duchowych żniwach”. W Japonii w ciągu dwóch lat jezuici nawrócili 15 tysięcy ludzi, lecz w 1614 r. szogun rozpoczął straszliwe prześladowanie chrześcijan, jakiemu nikt nie dorównał wielkością okrucieństwa. Wiele nawróceń dokonało się także na obszarze Oceanii. Za to misje w Afryce odznaczały się zniechęcającymi niepowodzeniami i ofiarami w ludziach. Misjonarze wnosili także wiele trwałych przyczynków do rozwoju etnografii, geografii fizycznej, badań otwartych mórz, astronomii, fizyki. Rządy zaczęły używać edukacji jako narzędzia jedności narodowej i zepchnęły naukę religii na dalszy plan. Aby zapełnić powstającą próżnię powołano wiele zakonów katolickich. Ojciec Jan Baptysta de la Salle zorganizował stowarzyszenie religijne, stawiające sobie za cel kształcenie chłopów z biednych rodzin. Jego metody nauczania stały się tak znane, że nazwano go „ojcem nowoczesnej pedagogiki”. Wśród innych wielkich świętych tego wieku znajdujemy św. Piotra Clavera, jezuitę, który poświęcił się służeniu afrykańskim niewolnikom w Cartaginie. Ochrzcił i nauczał ponad 300 tysięcy niewolników podczas 40 lat swego posługiwania. Św. Marcin de Rorres był czarnym zakonnikiem dominikańskim, który z poświęceniem służył chorym i cierpiącym tubylcom w Peru.