Dwunaste stulecie było świadkiem bezprecedensowego wzrostu katolickiego nauczania. Założono pierwsze z wielkich uniwersytetów europejskich. Dzięki sile ustabilizowanego papiestwa było możliwe większe wykorzystanie prawa kanonicznego. Zostało ono skodyfikowane i skomentowane przez licznych uczonych, szczególnie przez Gratiana z Italii.
Dominującą postacią tego okresu był św. Bernard z Clairvaux. Kiedy został cystersem, ten nowy zakon z surową regułą miał tylko jeden dom zakonny na całym świecie. Pod koniec wieku liczba domów zakonnych zbliżała się do setki i wykazywała tendencję wzrostową. Jeden z mnichów św. Bernarda został błogosławionym papieżem Eugeniuszem III. Wielki rozdźwięk związany z wyborem papieża w 1130 r., w którym prawowity papież wydawał się być pokonany, został zażegnany i prawdziwy papież został wyniesiony do tej godności prawie wyłącznie natchnionymi i inspirującymi słowami wielkiego cystersa. Bez strachu ganił potężnych magnatów za ich nadmierną pychę i brak dobroczynności. Wielokrotnie chronił Żydów przed prześladowaniami. Pod koniec swojego życia, kiedy muzułmanie zaczęli wracać do Syrii i Palestyny ogłosił Drugą Krucjatę, która zatrzymała ich marsz.
Italia w czasie tego stulecia była podzielona wojną domową pomiędzy Gwelfami (polityczni zwolennicy papieża) a Ghibellinami (zwolennicy cesarza Świętego Cesarstwa Rzymskiego, którzy od czasów Henryka IV byli politycznie antypapiescy). Herezja również dawała się poważnie we znaki. Od VI w. do XII w. nie było poważniejszych herezji na Zachodzie. Kościół uważał herezję za największego wroga, ponieważ cywilizacja Zachodu była wtedy oparta wyłącznie na wierze, w związku z tym herezja podkopywała ją i stanowiła dla niej zagrożenie.
Herezja, która zaczęła się szerzyć w południowej Francji, w drugiej połowie XII w., była jedną z najgorszych. Przyszła ze Wschodu i była nazywana kataryzmem (religia „czystych”), lecz również znana, od jej fortecy znajdującej się w południowej Francji, jako albigensjanizm. Herezja ta stanowiła odrośl manicheizmu z końcowego okresu Cesarstwa Rzymskiego i opowiadała się otwarcie przeciw życiu. Uważała rodzenie dzieci za grzech. Głosiła, że samobójstwo jest najlepszym sposobem odejścia z tego świata. Wywyższała jej przywódców „czystych”, którzy nie mieli dzieci i na koniec popełniali samobójstwo. Tych, którzy kochają życie, mają dzieci i odmawiają popełnienia samobójstwa uważano za grzeszników, bez nadziei odkupienia.
Była to jedna z najgroźniejszych doktryn jaką kiedykolwiek głoszono na Zachodzie do czasów współczesnych. W końcu ogłoszono krucjatę przeciwko katarom, po tym jak zabili legata papieskiego. Została ona doprowadzona do zwycięskiego końca przez wielkiego chrześcijańskiego wojownika Szymona de Montfort.
Pod koniec tego stulecia Jerozolima została odbita przez muzułmanów, ogłoszono więc trzecią krucjatę, by ją im odebrać. W krucjacie tej walczył sam król Anglii Ryszard „Lwie Serce”, a bohatersko przeciwstawiał się mu syryjski muzułmanin Saladyn. Ryszarda mężnie popierał król Ludwik VII „Młody” z Francji. Cesarz Fryderyk Barbarossa, który przez większość swojego panowania przeciwstawiał się papieżowi, teraz w pełni z nim pogodzony, był przywódcą tej krucjaty. Podczas walk utonął on w rzece w Azji Mniejszej, lecz krucjatę kontynuowano nawet po jego tragicznej śmierci. Ryszard doszedł do wzgórza z którego zachodniej strony można było, po raz pierwszy, zobaczyć Jerozolimę. Wzgórze to nazywano „Montjoie” (Góra Radości). Nie był jednak w stanie zająć samej Jerozolimy. Wracając został pojmany przez księcia Austrii – mimo rozkazów papieskich chroniących wszystkich, którzy poszli na krucjatę. Książę przetrzymywał go w niewoli dla ogromnego okupu. Niewola Ryszarda i ostateczne jego uwolnienie stały się tematem wielu opowiadań i legend, spośród których wiele przetrwało do naszych czasów.